Flor de Lis: forma esquemática de lirio, empleada en la heráldica con el significado de nobleza. En sus tres pétalos se simbolizan los tres principios fundamentales de la educación en el Instituto San Francisco de Asís: fe, amor y ciencia.

Tau: Conf. Con el símbolo de la Bandera del Instituto San Francisco de Asís.

Brazo de San Francisco de Asís: es la presencia del hombre que descubre el amor de Dios Padre y se compromete a vivirlo en su mayor plenitud inmersa en la armonía cósmica de la hermandad con todas las criaturas.

Brazo de Jesucristo: es la identidad institucional de ser cristiano, con un proyecto de formación fundamentado en los principios de fe de nuestra Iglesia Católica.

Palabra amor: ley fundamental de los cristianos, que debe ser vivida según el Santo Evangelio.

Palabra fe: de la misma manera que el pétalo central de la flor de lis, apunta hacia lo más alto, nuestra fe debe estar colocada en Dios Altísimo que se hace tan íntimamente cercano en Jesucristo por la gracia de su Santo Espíritu.

Palabra ciencia: compromiso de todo franciscano de investigar   los   secretos de la creación, de tal manera que conociéndolos sean aprovechados positivamente para el beneficio de todos, con el compromiso particular de dejar este mundo en mejores condiciones de como la encontramos.

Color blanco: es la limpieza, honestidad, pulcritud, la pureza en el pensar, sentir y obrar; pero fundamentalmente significa la paz de Jesucristo, proclamada a los cuatro vientos por Francisco, siendo un compromiso personal de todo miembro de la familia franciscana.

Color amarillo: la riqueza institucional constituida por los valores de todos y cada uno de sus miembros.

Color azul: la inmensidad del amor, compartiendo en el servicio, especialmente a los más necesitados.

Color rojo: nos recuerda el sacrificio de Santa María Goretti y el amor como mandamiento de los cristianos.